Bactérioses transmises par les semences

La nervation blanche de la courgette (Cucurbita pepo subsp. pepo) est une maladie qui impacte le développement des plantules et est préjudiciable à la filière semencière. Les bactéries responsables de cette maladie sont morphologiquement diverses et sont transmises par les semences.

L’objectif de cette étude était d’améliorer la connaissance de la diversité génétique de ces agents pathogènes et de caractériser leur pouvoir pathogène afin d’évaluer le risque qu’elles représentent pour différentes cultures de la famille des cucurbitacées.

La nervation blanche de la courgette est causée par des souches appartenant à différentes lignées génétiques du complexe d’espèces Pseudomonas syringae. Un schéma de typage génétique multilocus discriminant est proposé dans le cadre de cette étude. Une de ces lignées est caractérisée par une gamme d’hôtes étroite, limitée aux courges du genre Cucurbita. Les autres lignées génétiques présentent, quant à elles, une gamme d’hôtes plus large, affectant les courges (Cucurbita sp.), les melons (Cucumis melo), les concombres (Cucumis sativus) et parfois les pastèques (Citrullus lanatus). Le séquençage de leur génome met en évidence des contenus différents en gènes d’effecteurs du pouvoir pathogène. Ces profils d’effecteurs différentiels corrèlent avec les gammes d’hôtes.

Les données et outils générés dans cette étude sont désormais utilisés pour identifier les souches de P. syringae isolées de courgettes et de plantes de l’environnement dans des zones de production de semences contrastées afin de préciser les sources d’inoculum et l’impact de facteurs de l’environnement sur la distribution des différentes lignées. A terme, une meilleure connaissance des sources d’inoculum permettra de proposer des méthodes de lutte adaptées, en particulier à destination de la filière semencière. Plus largement, la démarche adoptée pour le design du nouveau schéma de typage pourra être appliquée à d’autres agents pathogènes complexes.

Partenaires et financement : ce travail a été réalisé par l'unité IRHS à Angers avec le soutien du plateau ANAN (SFR Quasav) pour le séquençage des génomes bactériens. Les outils bio-informatiques adaptés à la problématique ont été développés dans l’équipe EmerSys en relation avec l’équipe Bidefi de l'unité IRHS.

Référence de la publication : Lacault C, Briand M, Jacques M-A, and Darrasse A. Zucchini vein clearing disease is caused by several lineages within Pseudomonas syringae species complex. Phytopathology, Accepted December 2019 https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-19-0266-R