Les semences sont vectrices d’ensembles microbiens (aussi appelé microbiote) diversifiés dont la composition peut favoriser ou inhiber le développement de certains agents phytopathogènes. Il est donc essentiel de mieux comprendre l’évolution de ce microbiote lors du développement de la plante.

L’impact de l’invasion du microbiote de graines de radis par des agents pathogènes a été analysé. Des contaminations artificielles par la bactérie Xanthomonas campestris pv campestris (Xcc) et par le champignon Alternaria brassicicola (Ab) ont été effectuées sur les parties aériennes de porte graine cultivées. Après récolte, l’installation des agents pathogènes au sein des semences a été mesurée par des analyses classiques de microbiologie et de biologie moléculaire. La diversité microbienne présente au sein des échantillons de semences a ensuite été caractérisée par une approche de séquençage de marqueurs taxonomiques bactériens et fongiques. Les résultats de cette étude indiquent que la transmission de Xcc n’affecte pas la composition du microbiote des semences. En revanche la transmission d’Ab diminue significativement la diversité des ensembles fongiques associés aux semences. Cette perturbation est probablement due à des compétitions pour les ressources nutritives entre Ab et d’autres membres de la communauté fongique, notamment des souches saprophytes apparentées à l’espèce Alternaria alternata. Ces souches pourraient être, à terme, utilisées en tant qu’agent de lutte biologique.

Partenaires : ce travail de recherche a été réalisé au sein de l'UMR IRHS par les équipes EmerSys et FungiSem sur des échantillons de graines récoltées sur des parcelles expérimentales de la Fédération Nationale des Agriculteurs Multiplicateur de Semences. Ces travaux de recherche ont été financés par le projet metaSEED (Pari scientifique de la Région des Pays de la Loire).

Publication associée : Rezki, S., Campion, C., Iacomi-Vasilescu, B., Preveaux, A., Toualbia, Y., Bonneau, S., Briand, M., Laurent, E., Hunault, G., Simoneau, P., Jacques, M. A., & Barret, M. (2016). Differences in stability of seed-associated microbial assemblages in response to invasion by phytopathogenic microorganisms. PeerJ, 4 :e1923.  DOI: http://dx.doi.org/10.7717/peerj.1923