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Autrefois confinée aux Amériques, Xylella fastidiosa a été identifiée pour la 1ère fois en Europe en 2013 dans des oliviers dans les Pouilles (Italie), puis en juillet 2015 dans des plantes ornementales en Corse et en octobre de la même année en Région PACA. Cette bactérie phytopathogène génétiquement diverse et au spectre d’hôte très large représente une menace importante pour l’agriculture méditerranéenne et Européenne.

L’utilisation du typage multilocus, méthode de référence pour l’analyse de la diversité des bactéries, a permis d’identifier deux types de souches majoritaires en France, les ST6 et ST7 de la sous espèce multiplex. La présence ponctuelle d’autres souches, ST53 appartenant à la sous-espèce pauca, ST76 de la sous-espèce fastidiosa/sandyi, a également été relevée. Certains échantillons se sont également révélés infectés par des mélanges de souches. Une cinquantaine d’espèces végétales se sont avérées hôte de ces bactéries en France, la très grande majorité étant des espèces ornementales ou endémiques du maquis. Les symptômes observés en France s’avèrent généralement peu sévères et difficiles à identifier, car peu caractéristiques. Toutefois, la vérification des postulats de Koch permet d’affirmer que X. fastidiosa est bien la cause des symptômes observés sur polygale à feuille de myrte et olivier. La diversité des souches identifiées en France et leur dispersion sur le territoire, les résultats d’analyses mécanistico-statistiques et d’analyses de séquences génomiques indiquent que certaines souches auraient pu avoir été introduites en Corse il y a plus de trente ans.

Le typage systématique de tous les échantillons infectés et l’analyse fine des séquences génomiques de souches isolées en France comparativement à celles de leurs congénères isolées aux Amériques et dans d’autres pays d’Europe permettront de re-construire les routes d’introduction et l’histoire évolutive de cet agent pathogène.

Partenaires : cette étude a été menée par l’unité IRHS en collaboration avec l’ANSES. La catégorisation de la bactérie a été effectuée par le panel de la santé des plantes de l’EFSA, dont MA Jacques est membre.

Publications associées :
• Denance N, Legendre B, Briand M, Olivier V, de BoissesonC, Poliakoff F, Jacques M-A. (2017). Several subspecies and sequence types are associated with the emergence of Xylella fastidiosa in natural settings in France. Plant Pathology 66:1054–1064. DOI:10.1111/ppa.12695.
• EFSA PLH Panel (EFSA Panel on Plant Health), Jeger M, Caffier D, Candresse T, Chatzivassiliou E, Dehnen-Schmutz K, Gilioli G, Gr_egoire J-C, Jaques Miret JA, MacLeod A, Navajas Navarro M, Niere B, Parnell S, Potting R, Rafoss T, Rossi V, Urek G, Van Bruggen A, Van der Werf W, West J, Winter S, Almeida R, Bosco D, Jacques M-A, Landa B, Purcell A, Saponari M, Czwienczek E, Delbianco A, Stancanelli G and Bragard C (2018). Scientific Opinion on the updated pest categorization of Xylella fastidiosa. EFSA Journal 2018;16(7):5357, 61. DOI:10.2903/j.efsa.2018.5357.