Un pathotest pour caractériser la sensibilité/résistance des rosiers à la maladie des taches noires

La maladie des taches noires, causée par le champignon Diplocarpon rosae, est la maladie foliaire la plus importante chez le rosier. L’utilisation de pesticides de synthèse représente le principal recours face à la maladie pour les particuliers et professionnels. Cependant, les évolutions réglementaires récentes sur la limitation des pesticides ont conduit les obtenteurs de rosiers à exploiter la résistance naturelle des plantes dans leurs protocoles de création variétale. Le comportement des variétés vis-à-vis de la maladie est estimé en conditions d’infections naturelles chez les obtenteurs et selon des protocoles de notations spécifiques. Ce constat traduit le besoin d'un outil rapide et standardisé pour la caractérisation de variétés nouvelles et, plus largement, la nécessité de mieux comprendre l’agent pathogène notamment d’un point de vue génétique.

Les expertises en génétiques, génomiques et physiopathologies de l’unité IRHS à Angers ont d’une part permis la création d’une collection eurasienne de 77 souches de Diplocarpon rosae (France et Asie dont Kazakhstan essentiellement) isolées sur rosiers sauvages et domestiques. D’autre part, afin d’étudier la diversité génétique de ce champignon, les génomes de deux souches ont été séquencés. Leur analyse a révélé que ces génomes n’étaient pas dupliqués contrairement à la 1^ère séquence de ce champignon publiée en 2017 (Neu et al., 2017). Ce résultat intéressant sous-entend une forte variabilité dans le génome des souches de D. rosae. De plus, une forte différenciation génétique entre souches isolées sur rosiers cultivés et sauvages a été observée, et ce, indépendamment de l’origine géographique.

Un pathotest de routine en serre a également été développé. Celui-ci permet l’évaluation du niveau de résistance de variétés de rosier vis-à-vis de 10 souches de champignons représentant la diversité génétique de Diplocarpon rosae sur le territoire français. L’impact visuel des infections réalisées sur boutures de rosier est noté grâce à une échelle de notation de symptômes allant de 0 à 5 (résistant > sensible). Ce test a révélé une bonne corrélation avec des notations aux champs réalisées sur trois années. Cet outil pourrait être utile aux obtenteurs pour la caractérisation du comportement de variétés vis-à-vis de la maladie des taches noires.

Ces travaux constituent une première approche de la diversité génétique du champignon et des études futures sont envisagées afin d’appréhender l’histoire évolutive de cette maladie. Enfin, l’identification des gènes impliqués dans la résistance de certaines variétés devraient permettre une meilleure compréhension de l’interaction D. rosae – rosier afin de proposer des stratégies durables de gestion de la maladie.

Partenaires : ces travaux ont été réalisés à l’unité IRHS à Angers en lien avec 11 partenaires privés (obtenteurs et pépiniéristes) et le pôle de compétitivité Vegepolys Valley.
 

Financement : cette étude a été financée dans le cadre d’un projet CASDAR (no. C-2014-06) du Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation et avec le soutien de la SFR 4207 Quasav.

Publication associée : Marolleau, B., Petiteau, A., Bellanger, M. N., Sannier, M., Le Pocreau, N., Porcher, L., Paillard, S., Foucher, F., Thouroude, T., Serres-Giardi, L., Aguileta, G., Chastellier, A., Bonneau, C., Le Cam, B., Soufflet-Freslon, V. and Hibrand-Saint Oyant, L. (2020) Strong differentiation within Diplocarpon rosae strains based on microsatellite markers and greenhouse-based inoculation protocol on Rosa. Plant Pathology. https://doi.org/10.1111/ppa.13182

Contact : Laurence Hibrand Saint-Oyant, équipe GDO de l'IRHS