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Xanthomonas arboricola pathovar juglandis est l’agent bactérien responsable de la bactériose du noyer, principale maladie du noyer. Les dégâts sur fruits peuvent parfois causer plus de 50 % de perte de récolte.

Lors d’une enquête épidémiologique dans les vergers français visant à étudier la résistance au cuivre de cet agent pathogène, des souches initialement confondues avec l’agent pathogène ont été isolées. Leur caractérisation génétique par des approches de phylogénie et d’épidémiologie moléculaire a révélé qu’elles appartenaient bien à l’espèce X. arboricola mais qu’elles se différenciaient génétiquement des souches pathogènes. Leur incapacité à provoquer des symptômes sur jeunes plants de noyer et sur d’autres espèces végétales a été montrée.

La recherche des principaux déterminants moléculaires du pouvoir pathogène des Xanthomonas a montré que certaines lignées non pathogènes étaient dépourvues des gènes codant le système de sécrétion de type III. Cette structure, aussi appelée "injectisome" et qui s’apparente à une seringue, permet aux souches pathogènes d’injecter directement, dans les cellules végétales, des molécules (effecteurs de type III, ET3) capables d’anéantir les réactions de défense des plantes et de détourner leur métabolisme à leur profit. Toutefois, d’autres lignées de bactéries non pathogènes possèdent les gènes de l’injectisome mais peu de gènes codant pour des ET3 comparativement aux souches pathogènes. Des analyses de génomique comparative permettront de révéler de nouveaux déterminants génétiques pouvant être à l’origine de l’émergence des souches responsables d’épidémies majeures dans les vergers.

 
Salwa Essakhi, Sophie Cesbron, Marion Fischer-Le Saux, Sophie Bonneau, Marie-Agnès Jacques, Charles Manceau. 2015. Phylogenetic and VNTR analysis Identified Non-pathogenic Lineages within Xanthomonas arboricola Lacking the canonical Type Three Secretion System. Appl. Environ. Microbiol. doi:10.1128/AEM.00835-15