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Les semences sont vectrices d’une microflore abondante et diversifiée dont le rôle est généralement méconnu. Pour améliorer la qualité sanitaire des semences, de nouveaux traitements doivent être proposés dans le contexte actuel de réduction de l’utilisation des produits phytosanitaires.

L’une de ces méthodes alternatives consiste à enrober les semences avec des microorganismes possédant des propriétés bénéfiques pour la croissance et la santé des plantes. Cette lutte biologique se heurte cependant à des variations d’efficacité pouvant être en partie expliquées par l’activité des communautés microbiennes indigènes des semences. Il est donc essentiel de développer des analyses permettant de connaitre l’ensemble des membres constituant les communautés microbiennes associées aux semences.

La composition des communautés microbiennes associées aux semences et son évolution au cours de la germination et de la levée de la plantule a été étudiée par une approche de séquençage de différents marqueurs bactériens et fongiques. Plusieurs espèces végétales ont été ciblées telles que le radis, la carotte ou encore le haricot. Les équipes de l'UMR IRHS ont mis en évidence une grande variation du nombre d’espèces bactériennes et fongiques entre les différents lots de semences analysés. En effet, une dizaine d’espèces bactériennes et fongiques sont associées aux semences de radis alors qu’environ 400 espèces microbiennes sont associées aux graines de haricots. Par ailleurs, le nombre d’espèces microbiennes diminue significativement au sein des plantules (après germination et levée) et se traduit par une sélection de taxons bactériens et fongiques fréquemment retrouvés au sein d’autres compartiments végétaux comme les racines et les feuilles. Ces résultats démontrent que la graine constitue une source d’inoculum importante pour la plante.

Partenaires : ce travail de recherche a été réalisé au sein de l'UMR IRHS par les équipes EmerSys et FungiSem sur des échantillons de graines fournies par les entreprises semencières Vilmorin et HM-Clause. Ces travaux de recherche ont été financés par le projet metaSEED (Pari scientifique financé par la Région des Pays de la Loire).

Publication associée : Barret, M., Briand, M., Bonneau, S., Preveaux, A., Valiere, S., Bouchez, O., Hunault, G., Simoneau, P., & Jacques, M. A. (2015). Emergence Shapes the Structure of the Seed Microbiota. Applied and Environmental Microbiology, 81(4), 1257-1266. DOI: http://dx.doi.org/10.1128/aem.03722-14