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Les bactéries du genre Xanthomonas portent des effecteurs de type III appelés effecteurs transcription activator-like (TAL). Après avoir été injectés dans les cellules de l’hôte, les effecteurs TAL sont capables de migrer dans le noyau où ils agissent en général comme des facteurs de transcription de gènes de sensibilité afin de promouvoir l’infection. Les souches de Xanthomonas responsables de la graisse commune sur haricot se répartissent en quatre lignées phylogénétiquement disctinctes appartenant à Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli (Xpp) ou X. citri pv. fuscans (Xcf). L’objectif de ce travail a été d’étudier la diversité et l’évolution des effecteurs TAL en lien avec l’adaptation à l’hôte, chez les souches de Xanthomonas responsables de la graisse commune du haricot. Nous avons séquencé 17 souches représentatives de la diversité des quatre lignées de Xpp et Xcf par séquençage PacBio. L’analyse de ces génomes a révélé l’existence de quatre gène tal, dont deux sont localisés sur le chromosome et spécifiques de certaines souches de Xcf, tandis que les deux autres sont plasmidiques et partagés entre souches phylogénétiquement éloignées. Nous avons mis en évidence que ces deux tal plasmidiques avaient été récemment transférés horizontalement entre Xcf et Xpp.

Nos résultats suggèrent que les effecteurs tal plasmidiques contribuent à l’adaptation à l’hôte en étant transférés horizontalement entre des lignées phylogénétiquement distantes. Nous avons généré un mutant de Xcf dépourvu de tal et des mutants complémentés avec chaque gène tal. Le séquençage des ARN après infiltration de ces souches dans des feuilles de haricot nous a permis d’étudier l’ensemble des gènes induits par chaque effecteur TAL. Ces analyses en cours ont pour but de trouver quelles sont les cibles de ces effecteurs, étape préliminaire à l’élaboration de stratégies de résistance basées sur l’utilisation des effecteurs TAL.

Publications associées : Ruh M, Briand M, Bonneau S, Jacques M-A, and Chen NWG. 2017. Xanthomonas adaptation to common bean is associated with horizontal transfers of genes encoding TAL effectors, BMC Genomics 18:670. DOI: 10.1186/s12864-017-4087-6.