Thinh Vo-Huang Quoc

Bio-informaticien et doctorant, je m’occupe des besoins bioinformatiques de l’équipe tout en travaillant sur ma propre thèse consacrée à la caractérisation des effecteurs MAX chez Venturia inaequalis. Je conçois, développe et réalise des analyses computationnelles sur nos données omiques de V. inaequalis — de l’assemblage et de l’annotation de génome à l’identification de gènes candidats et la prédiction à grande échelle de la structure secondaire des protéines à l’aide de clusters de calcul haute performance.

La famille structurale des effecteurs MAX a d’abord été caractérisée et formalisée chez Magnaporthe oryzae (Guillen et al., 2015). Des études récentes ont mis en évidence leur présence chez V. inaequalis (Rocafort et al., 2022; Lahfa et al., 2024; Naour-Vernet et al., 2025). Ceci, en plus des effets connus de nombreux effecteurs MAX de M. oryzae dans la virulence, en fait un sujet d’étude prometteur chez V. inaequalis afin de découvrir de nouvelles voies permettant, à terme, de lutter contre la tavelure du pommier. Ainsi, mon projet de thèse consiste à :

Identifier les effecteurs MAX à partir de notre collection de génomes de V.inaequalis

Caractériser leur distribution, les variations sur leur structure, leur histoire évolutive et leurs fonctions générales

Développer des méthodes et des pipelines bioinformatiques permettant de répondre aux objectifs précédents.

Guillen K de, Ortiz-Vallejo D, Gracy J, Fournier E, Kroj T, Padilla A. 2015. Structure Analysis Uncovers a Highly Diverse but Structurally Conserved Effector Family in Phytopathogenic Fungi. PLOS Pathogens 11, e1005228.

Lahfa M, Barthe P, Guillen K de, et al. 2024. The structural landscape and diversity of Pyricularia oryzae MAX effectors revisited. PLOS Pathogens 20, e1012176.

Naour--Vernet ML, Lahfa M, Maidment JHR, Padilla A, Roumestand C, Guillen K de, Kroj T, Césari S. 2025. Structure-guided insights into the biology of fungal effectors. New Phytologist 246, 1460–1477.

Rocafort M, Bowen JK, Hassing B, Cox MP, McGreal B, de la Rosa S, Plummer KM, Bradshaw RE, Mesarich CH. 2022. The Venturia inaequalis effector repertoire is dominated by expanded families with predicted structural similarity, but unrelated sequence, to avirulence proteins from other plant-pathogenic fungi. BMC Biology 20, 246.