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2024-2026 IB2024 SPE INRAE

Coordination : Maël Baudin et Bruno Le Cam

Venturia inaequalis est l'agent causal de la tavelure du pommier, une maladie répandue dans le monde entier et responsable d'environ la moitié des traitements pesticides dans les vergers de pommiers. Pour réduire l'utilisation des fongicides, les instituts de recherche dont l'INRAE ont développé des variétés résistantes comme Ariane, Initial, Story, Pitchounette. Ces programmes de sélection sont particulièrement longs et coûteux et reposent sur l'introgression de gènes de résistance dans des pommiers agronomiquement intéressants. Les gènes de résistance de l'hôte reconnaissent des déterminants génétiques avirulents du côté du pathogène. Malheureusement, sous la pression de la sélection, le champignon peut rapidement perdre ou modifier ces déterminants, ce qui diminue fortement l'efficacité de la résistance. L'identification des déterminants avirulents du champignon en amont du programme de sélection peut donc aider à mieux évaluer la durabilité de la résistance et à développer des outils de diagnostic pour surveiller la présence d'isolats virulents dans l'environnement.

Avec le projet ICARUS, nous visons à trouver les déterminants fongiques avirulents inconnus associés au 13 loci de résistance identifiés dans les collections de pommiers. Pour ce faire, nous utiliserons la méthode très bien établie de la mutagenèse aléatoire induite par les UV. Avec la facilité de génération des mutations et les technologies de séquençage disponibles, la seule limite de ce type d'approche est le phénotypage des mutants. Dans notre cas, nous utilisons un crible suppressif où seules les souches mutées sur les facteurs d’avirulence survivent, ce qui rend ce flux de travail simple, bon marché et fiable.

Une fois que les gènes candidats avirulents sont identifiés, cela ouvre la voie à de multiples programmes de recherche de suivi tels que : (i) l'analyse de la diversité naturelle de ces déterminants qui nous aide à évaluer la durabilité de la résistance ; (ii) protéomique pour aider à identifier les récepteurs imunitaires sous-jacent aux loci de résistance du pommier ; (iii) l'évolution et la biologie moléculaire pour mieux comprendre la coévolution de V. inaequalis avec ses hôtes.