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Les individus dupliqués par allopolyploïdie ont subi une hybridation de deux espèces différentes induisant un changement du nombre de jeux de chromosomes. Cet événement peut provoquer une sous-dominance génomique. En revanche, ceux dupliqués par autopolyploïdie ont subi une hybridation entre deux espèces identiques mais il n’a pas encore été observé de sous-dominance génomique chez ceux-ci.

L’ancêtre du pommier (Malus domestica) a subi une duplication du génome entier (WGD) il y a 27 millions d’années. Les fragments chromosomiques dupliqués ont été analysés. Des déséquilibres dans la proportion de QTLs cartographiés, la couverture en éléments transposables, le niveau d’expression des gènes et la méthylation de l’ADN ont été observés entre les fragments chromosomiques homologues. Ces déséquilibres suggèrent une dominance sous-chromosomique.

Dans ce projet nous allons chercher à en savoir plus sur les gènes dupliqués dont une des copies est systématiquement différentiellement exprimée. Nous allons étudier en détail leurs environnements en éléments transposables et la méthylation de l’ADN autour de ces gènes ohnologues. Nous allons aussi chercher les fonctions biologiques et moléculaires ainsi que les voies métaboliques dans lesquelles ces gènes ohnologues sont impliqués.

Nous allons également réaliser des recherches similaires sur le Poirier, organisme ayant subi la dernière WGD commune au Pommier. Nous allons chercher si les déséquilibres présents chez le Pommier sont aussi présents chez le Poirier. Selon les ressources disponibles au cours du projet, nous aimerions également faire des recherches sur le Cognassier (arbre produisant le Coing) et sur le Sorbier.

Projet de thèse d'Andréa BOUANICH en co-direction avec l'équipe BIDEFI.