OPTIMAE-PlantAlliance

Contexte :

Le projet vise à étudier la diversité génétique des éléments transposables (ET) chez le pommier, ainsi que la manière dont cette diversité pourrait générer une diversité phénotypique susceptible de favoriser l'adaptation des pommiers à leur environnement et au changement climatique. Les ET sont des séquences génomiques mobiles capables de se déplacer et de s'insérer dans différentes régions du génome. Ils peuvent modifier l'expression des gènes situés à proximité de leur insertion et avoir un impact sur la méthylation du génome. Certains d'entre eux peuvent être activés par le stress et, fait intéressant, ils peuvent amener les gènes situés à proximité de leur insertion à devenir eux aussi inducteurs de stress (Thieme et al. 2022). Ces modifications, notamment au niveau de l'expression génique, peuvent modifier les phénotypes des plantes et pourraient ainsi jouer un rôle dans leur adaptation. L'objectif du projet est d'évaluer si les nouvelles insertions d'éléments transposables et les nouveaux phénotypes peuvent être reproduits comme dans la nature et accélérés en laboratoire. Deux tâches ont été menées dans le cadre de ce projet : l'une vise à générer une diversité d'éléments transposables dans le génome des pommiers, à l'aide d'un protocole d'induction de la transposition d'éléments transposables. L'autre tâche consiste à étudier la diversité génétique des éléments transposables et d'autres insertions chez des pommiers « Golden Delicious » naturels. Au total, treize arbres poussant dans diverses conditions environnementales seront utilisés. Une association potentielle entre le type ou la distribution des nouvelles insertions de TE et les différentes conditions environnementales sera ainsi étudiée.

Objectifs :

• Évaluer si les éléments transposables (TE) se transposent chez les plantes soumises au protocole, à l'aide d'analyses de mobilome-seq, 
• Identification de nouvelles insertions dans le génome du pommier chez les plantes soumises au protocole, par séquençage du TEome (séquençage de lectures longues ONT-Oxford)
• Évaluer si le phénotype des plantes exposées au protocole d'induction de la transposition des TE a été modifié
• Étudier la diversité intra- et intergénétique des TE chez les pommiers « Golden delicious » dans différents contextes de changement climatique

Financement

PlantAlliance

Partenaires

Equipe BiDeFi, INRAE Angers

Etienne Bucher, Agroscope, Switzerland

EPGV, Evry

Valorisation:

Publication:

- High-quality assembly and annotation of the ‘Golden Delicious’ Doubled-Haploid GDDH18 apple genome, Marine Salson, Christelle Lalanne, Maryline Cournol, Sylvain Hanteville, Damien Hinsinger, Patricia Faivre-Rampant, Aurélie Bérard, Sébastien Aubourg, Anne-Laure Fanciullino, Jean-Marc Celton, Sandrine Balzergue, under review in G3 Genes|Genomes|Genetic

Presentation:

Août 2026 : IHC – International Horticulture Congress – Kyoto, Japan – Présentation orale

Mai 2025 : RGC Rosaceae Genomics Conference – Barcelona, Spain – Présentation orale

Avril 2024 : ITCE- Saint Malo, France- Poster